Del mismo modo que Aristóteles, Tomás de Aquino, concibe la metafísica como la ciencia del ser en cuanto ser. Con el objeto de entender un poco mejor este tipo de definición tan abstracta convendría tener en cuenta lo siguiente:
1ª)Según Tomás de Aquino, el término ser puede entenderse de varias maneras.
2ª)Unas veces el ser es sinónimo de FORMA. Lo que sucede es que la Forma puede concebirse como sinónimo de acto puro, o bien como aquello que informa algún tipo de materia. Pues bien, en el primer caso, el ser se correspondería con lo que Aristóteles definía como el pensamiento que se piensa a si mismo, es decir, Dios, en el caso de Tomás de Aquino. Ahora bien, en Tomás de Aquino, el Ser como sinónimo de Forma=Dios no seria propiamente el objeto de la metafísica sino de la teología natural, parte de la Filosofía, según él. Por otra parte, cuando el ser se corresponde con aquello que informa a la materia nos encontraríamos, como veremos más adelante, con la idea del ser como Substancia.-
3ª)Para entender un poco mejor lo que acabamos de señalar es importante tener en cuenta lo que Aristóteles pensaba sobre estas cuestiones. Aristóteles, cuando hablaba del Ser, es evidente que también hablaba de la sustancia: cuando hablamos del ser- afirma -estamos hablando de la sustancia. Ahora bien, Aristóteles, a veces, entendía la sustancia como un compuesto de materia y de forma en movimiento. En este caso, la ciencia que investigaría su ser sería propiamente la física. Pero, otras veces, Aristóteles, concibe la sustancia como forma pura; y en tal caso, quien investiga su ser, es la ciencia primera o metafísica. Lo que sucede es que, en Aristóteles, el estudio de la Forma pura es estrictamente racional. No hay ningún libro sagrado, aparte de la propia razón o filosofía, que nos informe acerca del Ser como forma pura.
Pues bien, muchas de las contradicciones que en Tomás Aquino, en su análisis del ser, tienen precisamente su fundamento en lo último que hemos dicho sobre Aristóteles. Para Tomás de Aquino, además de la razón que nos informa sobre el Ser, está también el libro revelado por Dios, es decir, las sagradas escrituras. Pero no solamente existe el libro, sino que tal libro contiene realmente la verdad sobre el Ser. Pues bien, en el intento de hacer compatibles la filosofía y la fe, es en donde radican todas las contradicciones del pensamiento tomista sobre el Ser y, sobre otros temas.
4ª)Teniendo en cuenta todo dicho es necesario tener en cuenta lo siguiente: para Tomás de Aquino, la Teología natural es realmente la ciencia de la forma pura o Dios. Este es el Ser realmente en si mismo. Y de ahí la diferencia que establece entre el Ser y el Ente. Ahora bien, como el Ser también "es", en las cosas finitas o en cuanto compuestas de materia - forma, de ahí que Tomas de Aquino diga, como Aristóteles, que el ser,  (ente), como substancia, es también objeto de la física y de la metafísica.
5º)Pues bien, para situar en su verdadero contexto, en relación a lo que estamos diciendo, a Tomás de Aquino habría que concluir lo siguiente: Cuando Tomás de Aquino habla de metafísica como ciencia del ser en cuanto ser, se está refiriendo al ser como ente. Cuando habla del Ser como algo puro-formal, deberíamos situar a tal ser no tanto en el ámbito de la metafísica como en el de la teología natural. Tal teología natural es la ciencia primera a la que llegamos con ayuda de la física (ciencia de la materia - forma del ente) y de la metafísica (ciencia de la forma del ente).