La prisión, en donde debió morir Sócrates, se encontraba en la esquina sudoeste del ágora. Esta construcción tenía unos 17 metros de ancho por 40 de largo y estaba dividida en toda su longitud por una galería con cinco celdas cuadradas a la derecha y tres celdas a la izquierda. Dicha galería conducía a un patio cercado de la parte trasera. Según se entra a la izquierda hay un conjunto de 4 habitaciones que tenían una planta encima. Posiblemente se tratara de oficinas. En una de ellas se encontraron 13 pequeños frascos que muy pudieron contener cicuta, el veneno que tuvo que tomar Sócrates el día de su muerte.